Saamelaiskäräjät asettaa keskuudestaan hallituksen, johon kuuluvat jäseninä käräjien puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja neljä muuta jäsentä. Hallitus toimii saamelaiskäräjien kokouksen alaisena ja sen ensisijaisena tehtävänä on vastata poliittisesta toiminnasta ja hallinnosta sekä huolehtia käräjien kokousten valmistelusta. Hallitus kokoontuu noin kerran kuukaudessa tai tarpeen mukaan.