Kansallisen lainsäädännön lisäksi saamelaiskäräjien toimintaa ohjaa saamelaiskäräjien kokouksen hyväksymä työjärjestys, jossa säädetään mm. viroista, eri elimistä ja niiden tehtävistä sekä hallintomenettelystä saamelaiskäräjillä. Saamelaiskäräjien sihteeristö koostuu kolmesta toimistosta: yleinen toimisto, saamen kielen toimisto sekä koulutus- ja oppimateriaalitoimisto.

1. Yleinen toimisto

Yleisen toimiston tehtävänä on hoitaa Saamelaiskäräjien talous-, henkilöstö- ja muuta yleishallintoa koskevat asiat sekä asiat, joita ei ole määrätty muiden toimistojen hoidettavaksi.

Yleisen toimiston alaisuudessa toimivat kulttuurikeskus Sajoksen palveluyksikkö ja sosiaali- ja terveysyksikkö sekä saamelainen lastenkulttuurikeskus, musiikkikeskus ja alkuperäiskansojen elokuvakeskus.

2. Saamen kielen toimisto

Saamen kielen toimisto toteuttaa saamen kielilain (laki 1086/2003, asetus 108/2004) mukaisia tehtäviä. Se huolehtii laissa tarkoitettujen käännösten toimittamisesta eri viranomaisille ja laitoksille, avustaa viranomaisia ja laitoksia saamen kielen taitoisten tulkkien hankkimisessa sekä muissa saamen kielilaissa tarkoitetuissa tehtävissä sekä seuraa saamen kielilaissa säädettyjen tavoitteiden toteutumista ja tehden tarvittaessa aloitteita saamen kielen käytön edistämiseksi.

3. Koulutus- ja oppimateriaalitoimisto

Koulutus- ja oppimateriaalitoimiston tehtävänä on hoitaa saamelaisten koulutusta ja opetusta sekä saamenkielisen oppimateriaalin tuottamista koskevat asiat. Toimisto vastaa saamenkielisen oppimateriaalin suunnittelusta, valmistelusta ja jakelusta, saamelaisnuorten taidetapahtuman järjestelyistä, julkaisee saamelaisopetuksen tilastoja ja ylläpitää yhteyttä saamelaisopetusta järjestäviin kuntiin ja kouluihin sekä opetuksen hallintoon. Toimisto valmistelee ja toimeenpanee myös saamelaisten koulutusasiain yhteistyöelimen kokousten asiat ja osallistuu saamelaisen opetushallinnon pohjoismaiseen yhteistyöhön.

Toimipaikat

Saamelaiskäräjien sihteeristön päätoimipaikka sijaitsee Inarissa Saamelaiskulttuurikeskus Sajoksessa. Saamelaiskäräjillä on sivutoimipisteet myös Enontekiön ja Utsjoen kirkonkylissä.