Saamelaiskäräjien kokous asettaa vaalikaudekseen neljä lautakuntaa, saamen kielineuvoston, nuorisoneuvoston sekä vaalilautakunnan, jonka toimikausi on muita lautakuntia lyhyempi.

Lautakunnat toimivat hallituksen alaisuudessa valmistellen omaan toimialaansa kuuluvia asioita ja tehden päätöksiä omaan alaansa kuuluvien varojen jakamisesta ja käyttämisestä.

Lautakuntien puheenjohtajien ja varapuheenjohtajien tulee olla saamelaiskäräjien varsinaisia jäseniä. Heidän lisäkseen jokaiseen lautakuntaan kuuluu viisi muuta jäsentä sekä jokaiselle henkilökohtainen varajäsen.

Lautakuntien tulee edustaa mahdollisimman hyvin Suomen saamelaisten kielellisiä ja alueellisia ryhmiä sekä hyvää asiantuntemusta toimialallaan. Lautakuntien tehtävistä on määrätty saamelaiskäräjien työjärjestyksessä. Lautakunnat hoitavat omaan toimialaansa liittyvää tiedotusta.