Saamelaiskäräjät asettaa keskuudestaan hallituksen, johon kuuluvat jäseninä käräjien puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa ja neljä muuta jäsentä. Hallitus toimii saamelaiskäräjien kokouksen alaisena ja sen ensisijaisena tehtävänä on vastata poliittisesta toiminnasta ja hallinnosta sekä huolehtia käräjien kokousten valmistelusta.

Saamelaiskäräjien hallitus 2020 – 2023:

Juuso Tuomas Aslak, Puheenjohtaja
Koivisto Anni, I varapuheenjohtaja
Aikio Leo, II varapuheenjohtaja
Alakorva Juha-Petteri
Feodoroff  Veikko
Sara Magreta
Nuorgam Anne